A Dra. Susan McAlester (Saffron Burrows) está fazendo pesquisa com tubarões, pois pretende através deles descobrir a cura para o Mal de Alzheimer. Russell Franklin (Samuel L. Jackson), um empresário e homem de negócios, é o principal patrocinador, pois doou 200 milhões de dólares para o projeto. Quando um tubarão escapa e ataca um barco, a reação de Russell não é boa, mas Susan consegue reverter a situação e ele decide visitar Aquática, uma antiga base no meio do oceano que foi usada para reabastecimento de submarinos e agora foi convertida em um laboratório. Neste local Susan faz alterações genéticas nos tubarões, deixando-os mais inteligentes, pois precisa que os cérebros deles estejam desenvolvidos pois a partir daí conseguirá as enzimas necessárias para que sua experiência seja bem sucedida. Mas os tubarões se tornam também mais rápidos e não sentem vontade de colaborar, pois anseiam ir para mar aberto e, para piorar a situação, uma terrível tempestade se abate sobre Aquática.

Ao longo do filme existem várias homenagens à cinessérie Tubarão. Um exemplo é o modo como os tubarões são mortos em Do Fundo do Mar, idênticos aos mostrados em Tubarão, Tubarão II e Tubarão III.

O avião utilizado em Do Fundo do Mar é o mesmo utilizado durante as filmagens em Seis Dias, Sete Noites.

O mini-submarino laranja visível na entrada do laboratório é o mesmo utilizado em Esfera, também estrelado por Samuel L. Jackson. De 1999 com áudio e legendas em português e inglês.

Vale muito a pena ver e entender mais uma história que envolve TUBARÕES...